高质量的胚胎更容易着床并继续成长，而低质量或发育异常的胚胎则可能催生移植失败。接续而言，母体子宫环境对于胚胎着床至关重要。子宫内膜的状态直接影响到胚胎能否顺利植入。如果女性存在子宫肌瘤、息肉等疾病，或者子宫形态异常，都可能阻碍胚胎着床。另外，子宫内膜厚度不足或过厚、血流供应不良等问题也会影响着床成功率。再者，激素水平的变化同样不可忽视。在准备接受胚胎移植前，医生通常会监测女性体内雌激素和孕酮等激素水平。
这些激素对于维持妊娠有着重要作用，若其分泌失调，则可能影响到胚胎着床及后续发展。除此之外，免疫系统反应也是一个重要因素。两三年内从历史经验表明，部分女性体内存在着抗精子抗体或抗胚胎抗体，这些抗体可能会攻击进入子宫腔内的精子或胚胎，由此推进招致移植失败。进一步说，某些免疫性疾病如系统性红斑狼疮等也可能干扰胚胎着床过程。遗传因素也暗流涌动的是。随着年龄增长，女性卵子质量逐渐下降，染色体异常风险增加。就算是年轻女性，在进行胚胎培养时也可能出现染色体数目异常的情况。
这类胚胎就算能够着床，也很容易在早期流产。